6-Methylpyrimidine-2-Chloro-5-(2-Hydroxyethyl)-4-Methoxy Molekülünün Moleküler Yerleştirme Hesaplamaları

Öz

Son yıllarda bilgisayar teknolojilerindeki gelişmelerle birlikte ilaç geliştirme çalışmaları için bilgisayar destekli ilaç tasarım yöntemleri geliştirilmiştir. Böylece ilaç geliştirme süreci, maliyetli ve zaman alıcı laboratuvar çalışmaları yerine kısa sürede ve düşük maliyetle tamamlanabilmektedir. Bu çalışmada 6-metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi molekülünün moleküler tanımının daha iyi anlaşılabilmesi için protein-ligand etkileşiminin altında yatan fizikokimyasal (moleküler yerleştirme gibi) mekanizmalar detaylı olarak incelenmelidir. Bu nedenle, moleküler yerleştirme için AutoDock Tools (ADT) sürüm 1.5.6 paketi kullanılarak birleştirme işlemleri ise AutoDock 4.2 paketi kullanılarak gerçekleştirildi. Sars-CoV-2 hedef proteini (PDB 5r7y) ve ligand (6-metilpirimidin-2-kloro-5-(2-hidroksietil)-4-metoksi) moleküler etkileşimini incelendi.  İncelenen molekül, etkili inhibisyon özellikleri göstermiştir (∆Gbind =-2.36 kcal/mol). Bu durum, PDB 5r7y de heyecan verici etkiye sahiptir. Bu molekülün COVID-19 hastalığına ilaç adayı olarak belirlenmesi için daha fazla laboratuvar araştırması gereklidir.